ECOLE de MODELISATION des MACROMOLECULES BIOLOGIQUES
BORDEAUX, du 17 au 21 Juin 2002
Lundi 17 juin: David Perahia et Yves-Henri Sanejouand
9 h 30 13 h 00: Champs de force. Mécanique moléculaire. Modes normaux de vibration. Modeles simples (reseau elastique).
14 h 00 - 18 h 00: Travaux pratiques (fichier tar.gz, 18Mo)
Mardi 18 juin: Christophe Chipot et Mounir Tarek
9 h 00 - 13 h 00, Cours (pdf): Dynamique moléculaire. Conditions aux limites. Traitement des interactions électrostatiques. Analyse standard des trajectoires.
14 h 00 - 18 h 00: Travaux pratiques (fichier tar.gz, 22Mo)
Mercredi 19 juin: Thomas Simonson
9 h 00 - 13 h 00, Cours (pdf): Reconnaissance moléculaire. Calculs d'énergie libre. Description simplifiée des effets de solvant (modèles de Poisson-Boltzmann; modèles implicites).
14 h 00 - 18 h 00: Travaux pratiques (fichier tar.gz, 2 Mo)
Jeudi 20 juin: Philippe Derreumaux et Stefan Fischer
9 h 00 - 13 h 00, Cours: Exploration de l'espace conformationnel. Repliement et changements de conformation des protéines (quelques films: the methotrexate ring flip; the rotation of water in ice and proteins; sugar transport trough maltoporin -the register shift).
14 h 00 - 18 h 00: Travaux pratiques (fichier tar.gz, 2 Mo)
Vendredi 21 juin: Annick Dejaegere
9 h 00 - 13 h 00, Cours (pdf partie I et II): De la connaissance du site actif à la fonction. Recherche de nouveaux ligands ("drug design").
14 h 00 - 16 h 30: Travaux pratiques (fichier tar.gz, 16 Mo)
Liens utiles, notamment dans le cadre des Travaux Pratiques (documentations CHARMM, NAMD, et VMD).
Dernieres modifications de cette page: 5 septembre 2002.