ECOLE de MODELISATION des MACROMOLECULES BIOLOGIQUES

BORDEAUX, du 17 au 21 Juin 2002

La Dune du Pilat

Programme:

Lundi 17 juin: David Perahia et Yves-Henri Sanejouand

9 h 30 — 13 h 00: Champs de force. Mécanique moléculaire. Modes normaux de vibration. Modeles simples (reseau elastique).

14 h 00 - 18 h 00: Travaux pratiques (fichier tar.gz, 18Mo)

Mardi 18 juin: Christophe Chipot et Mounir Tarek

9 h 00 - 13 h 00, Cours (pdf): Dynamique moléculaire. Conditions aux limites. Traitement des interactions électrostatiques. Analyse standard des trajectoires.

14 h 00 - 18 h 00: Travaux pratiques (fichier tar.gz, 22Mo)

Mercredi 19 juin: Thomas Simonson

9 h 00 - 13 h 00, Cours (pdf): Reconnaissance moléculaire. Calculs d'énergie libre. Description simplifiée des effets de solvant (modèles de Poisson-Boltzmann; modèles implicites).

14 h 00 - 18 h 00: Travaux pratiques (fichier tar.gz, 2 Mo)

Jeudi 20 juin: Philippe Derreumaux et Stefan Fischer

9 h 00 - 13 h 00, Cours: Exploration de l'espace conformationnel. Repliement et changements de conformation des protéines (quelques films: the methotrexate ring flip; the rotation of water in ice and proteins; sugar transport trough maltoporin -the register shift).

14 h 00 - 18 h 00: Travaux pratiques (fichier tar.gz, 2 Mo)

Vendredi 21 juin: Annick Dejaegere

9 h 00 - 13 h 00, Cours (pdf partie I et II): De la connaissance du site actif à la fonction. Recherche de nouveaux ligands ("drug design").

14 h 00 - 16 h 30: Travaux pratiques (fichier tar.gz, 16 Mo)

Liens utiles, notamment dans le cadre des Travaux Pratiques (documentations CHARMM, NAMD, et VMD).

Dernieres modifications de cette page: 5 septembre 2002.